2006年6月に行われた建築基準法の改正(施行：2007年6月)で、都道府県知事が、法人などの組織を構造計算適合性判定機関に指定し、適合性判定業務の全部または一部を行わせることができると定めている。また、指定構造計算適合性判定機関に対する指定基準は、以下の通り。
(1)確認検査機関との兼務の場合：構造計算適合性判定の公正を確保するために、適合性判定機関が指定確認検査機関の業務を行っている場合は、その確認検査機関からの適合性判定を、自社の適合性判定機関で行うことは禁止されている
(2)確認検査機関と資本関係がある場合：親会社などの資本関係のある確認検査機関からの適合性判定も、子会社の適合性判定機関は行うことは禁止されている
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