（財）住宅保証機構が実施している制度で､新築住宅の供給者が負うべき瑕疵担保責任をバックアップするための仕組みになっている。
同機構に登録された住宅供給者の申請により、対象住宅の審査に合格したら同機構から保証書が発行される。
住宅の所有者は保証書を交付されることで、万が一住宅供給者が倒産した場合も瑕疵修補費用の８割相当の補償を受けることができ、保証期間中に住宅を転売する場合には譲受人へ保証が引き継がれるなどの利点がある。
「住宅性能保証制度」や「住宅完成保証制度」を利用した住宅を建設する場合、民間住宅ローンの金利優遇やローン手数料の割引・免除な どが受けられ、２つの保証制度をセットで利用すると、完成保証料が約16％割引になる。
また、「住宅性能表示制度」を利用して住宅を建設すると、住宅性能保証制度の住宅登録料が割引になる。
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